Os alunos regressam às aulas a 3 de janeiro de 2022 para iniciarem o segundo período, que tem uma interrupção de 28 de fevereiro a 2 de março no período de Carnaval, terminando o mesmo a 5 de abril. As férias da Páscoa duram até 18 de abril e o terceiro período começa a 19 para se prolongar até 7 de junho para os alunos do 9.º, 11.º e 12.º anos de escolaridade. No dia 15 de junho termina para os estudantes do 5.º, 6.º, 7.º, 8.º e 10.º anos e a 30 para os alunos do pré-escolar e do primeiro ciclo terminará a dia 30 também do mesmo mês. 

A Direção-Geral da Saúde (DGS) publicou o Referencial para as Escolas, no qual recomenda que crianças que frequentam o 1.º ciclo usem máscara. As orientações de isolamento profilático também foram revistas. Este referencial traz ainda novidades ao nível da testagem inicial, que passa a incluir os alunos do 3.º ciclo do ensino básico. Com esta estratégia, a DGS pretende "identificar casos de Covid-19 de todo o pessoal docente e não docente e dos alunos do 3.º ciclo do ensino básico e do ensino secundário, nas primeiras semanas do novo ano letivo, de forma a quebrar eventuais cadeias de transmissão". 

Esta testagem irá decorrer em três fases, sendo a primeira reservada ao pessoal docente e não docente. Já a segunda fase diz respeito aos alunos do ensino secundário e, por fim, a terceira será direcionada para os alunos do 3.º ciclo do ensino básico. A DGS salvaguarda ainda a possibilidade de realização de testes "de acordo com a evolução da situação epidemiológica". 

No próximo ano letivo, uma parte significativa dos alunos já estará vacinada contra a covid-19, depois de a DGS ter recomendado a vacinação das crianças e jovens a partir dos 12 anos, no entanto, as novas orientações não fazem qualquer distinção.